千年一次的彗星之夜里，愿望将会实现……　　立志成为出色的神奇宝贝训练师的小智、小遥和小胜，带着皮卡丘展开了新的旅程。为了观看千年彗星出现的刹那，来到恩斯游乐场，并认识魔术师巴特勒与戴安。在魔术表演中，小胜听到一阵细微的呼唤声…　　那是在〝沉眠之茧〞中沉睡了千年，可帮助人类达成愿望的神奇宝贝——基拉祈。在千年彗星出现的夜晚，如果遇到拥有纯真心灵的伙伴便会苏醒。为了让基拉祈醒来，巴特勒请小胜当基拉...

在车站目送明彦的远去，心里当然不是滋味...几通电话后，这个心急的女孩竟然也跑到pia4号店来打工（不知道她是怎么死缠滥打过来的），人家刚来，自然要带人家到处走走看，一个篮球勾起Sayaka的回忆...渐渐的，Sayaka已适应美崎町得打工生活，为了答谢明彦的带领，Sayaka每天都给他作早饭（看到她很高兴的样子，实在是不忍心回答吃后真实想法）。在美崎海岸的选美比赛上，为Sayaka摇旗呐喊吧，当...